1694–1696 – děkan
1. do 1361 – Ondřej (I.), vzdal se úřadu
2. 1361–1380 – Bohuněk (I.) ze Zásmuk, později děkan Kouřimský; za něho zde byl zřízen městský špitál s kostelem sv. Máří Magdaleny
3. 1381–1414 – Bartoloměj (I.)
4. 1415–1421 – Jan (I.) z Duban, byl společně s 18 dalšími kněžími 18. dubna 1421 upálen husity
zanikla katolická farnost
5. 1456 – Tomáš (I.), ze Saska
obnovena katolická farnost
6. 1627 – Ondřej (II.), dominikán
7. 1627–1632 – Benedikt (I.) z Fulstýna, dominikán (farář tuklatský, přistoupimský, vitický, štolmířský)
8. 1632–1633 – adm. Albert (I.) Domažlický
9. 1633–1634 – adm. Martin (I.) Sudoreti, Polák
10. 1635 – adm. Mikuláš (I.) Ignác Frank
11. 1636 – adm. Šebestián (I.) Bartoloměj Kryšpín
12. 1637 – adm. Tomáš (II.) Juřica
13. 1638 – adm. Jan (II.) Adam Vícha Táborský ze Pchova, kanovník staroboleslavský a děkan kouřimský
14. 1639–1647 – adm. Jan (III.) Těšín, farář černokostelecký
15. -16. 1647–1656 – adm. Matěj (I.) Salamelada, Štěpán (I.) Kaminský
16. 1656–1662 – děkan Štěpán (II.) Zikmund Krupský
17. 1662–1666 – děkan Václav (I.) Vojtěch Palacký z Kerinsteinu, obnovil literátský kůr
18. 1666–1674 – děkan Ondřej (III.) Košina
19. 1674–1675 – děkan Václav (II.) Matouš Tauš z Pilsenstraunu
20. 1675–1677 – děkan Zachariáš (I.) Augustin Bernard Kletzar z Růžokvětu
21. 1677–1680 – děkan Jan (IV.) Šebestián Felix
22. 1680–1694 – děkan Tomáš (III.) František Košina
23.
1694–1696 – děkan
24. 1696–1702 – děkan Jiří (I.) Josef Gregor
25. 1702–1729 – děkan Petr (I.) Antonín Spatzio
26. 1729–1760 – adm. Jindřich (I.) Antoni, od roku 1757 děkan, za něho zde 1746 zřízen kapucínský klášter
27. 1760–1794 – děkan Josef (I.) Schreiber, za něho přestavěn kostel sv. Gotharda do dnešní podoby, pořízen dnešní hl. oltář a zrušen kapucínský klášter
28. 1794–1813 – děkan Jindřich (II.) Hill, národní buditel
29. 1813–1816 – děkan Tomáš (IV.) Mikovec
30. 1816–1822 – děkan Jan (VI.) Staněk
31. 1822–1860 – děkan František (I.) Paleček, za něho pořízen současný obraz na hl. oltáři
32. 1860–1877 – Josef (II.) Zimmerman
33. 1877–1895 – děkan Jan (VII.) Nepomuk Gürche, za něho r. 1895 pořízeny současné varhany
34. 1895–1898 – adm. Karel (I.) Janda
35. 1898–1933 – děkan Alois (I.) Kašpárek, kanovník vyšehradský, čelil rozkolu církve, za něho 1907 opraven farní kostel
36. 1934–1945 – děkan Josef (III.) Schmied, za něho zřízen památník padlým v I. světové válce a slaveno 800 let existence chrámu sv. Gotharda
37. 1945–1957 – mons. Václav (III.) Gráf
38. 1957–2000 – děkan Jaroslav (I.) Vystrčil, poslední sídelní děkan (do 1994), za něho v 80. letech opraven kostel a provedena liturgická reforma
39. 2000–2008 – adm. Michael (I.) Antoni Bator, Polák, kanovník, za něho započata oprava varhan
40. od 1. 7. 2008 – adm. Matúš (I.) Kocián
Vl. J. Mrvík